Dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsi organisasi, KPPBC Tipe Madya Pabean C Nanga Badau memiliki peran yang cukup cukup strategis, karena letak geografisnya yang tepat berbatasan langsung dengan negara Malaysia yaitu perbatasan Kalimantan Barat dan Sarawak sehingga rawan terjadinya pelanggaran dibidang Kepabeanan dan Cukai khususnya penyelundupan barang illegal dan pemasukan NPP.

Oleh karena itu agar dapat menjalankan tugas pokok dan fungsinya sebagai salah satu instansi vertikal DJBC di perbatasan, KPPBC Tipe Madya Pabean C Nanga Badau perlu didukung sarana dan prasarana yang memadai, SDM yang berkompetensi dan berintegritas tinggi dengan jumlah yang memadai serta regulasi yang kuat dan selaras dengan BTA (Border Trade agreement) tahun 1970 sebagai pedoman pelaksanaan tugasnya.